코로나 19 대유행과 관련해 정부가 다중이 모이는 집회와 종교행사 등을 자제할 것을 요청하고, 행정기관 등을 동원해 종교시설에 대한 방역 활동을 강화하고 있다. 이런 정부의 조치는 대구 신천지 예배를 통해 대규모 집단 감염이 일어났고, 경기 성남 은혜의강교회, 경기 부천 생명수교회, 서울 동대문구 동안교회, 경기 수원 생명샘교회 등 종교행사를 통한 소규모 집단 감염과 이를 매개로 한 지역 내 감염 확산이 이뤄지는 등 우려가 크기 때문이다. 하지만, 정부의 이러한 방역 강화를 두고 개신교계에선 “종교탄압” 또는 “왜 교회만 문제삼냐”는 등의 반응을 보이며 반발이 거세다.